پس از پیروزی انقلاب اسلامی در سال 57، محمدرضاشاه که از بیماری سرطان رنج می‌برد، به دعوت محمد انور سادات به مصر رفت و در آنجا درگذشت. انور سادات به انقلاب ایران نقدهای تندی را وارد می‌کرد و می‌شد تصور کرد که روابط دو کشور قرار نیست تا مدت‌ها عادی شود. پذیرش شاه از سوی مصر با واکنش ایران هم مواجه شد و در سال 58 به دستور امام روابط دو کشور قطع شد تا آنکه در ۱۴ مهر سال 60 و در سالگرد جنگ رمضان در مصر، انور سادات در یک رژه نظامی به دست چهار نفر از اعضای جهاد اسلامی مصر ترور شد. مقامات ایران در استقبال از ترور انور سادات، نام خالد اسلامبولی، عامل ترور را بر یکی از خیابان‌های تهران گذاشتند که همین موضوع بر دامنه اختلافات میان دو کشور افزود تا جایی که در هشت‌ سال جنگ ایران و عراق، مصر یکی از حامیان اصلی دولت صدام به حساب می‌آمد.
گشایش در زمان خاتمی
به گزارش روزنو :چنین شرایطی ادامه داشت تا آنکه با روی‌کارآمدن دولت سیدمحمد خاتمی، تلاش‌هایی صورت گرفت که این روابط قدری بهبود یابد؛ به‌نحوی‌که حتی در زمان ریاست‌جمهوری خاتمی، او پس از ۲۰ سال قطع کامل روابط ایران با مصر، در ژنو با حسنی مبارک، رئیس‌جمهور وقت مصر، دیدار و گفت‌وگو کرد. خاتمی حتی برای تغییر نام خیابان خالد اسلامبولی تلاش‌هایی انجام داد که موفق نشد؛ به‌نحوی‌که در زمان فعالیت احمدی‌نژاد به‌عنوان شهردار تهران، شورای شهر وقت تهران تصمیم گرفت تا نام خیابان خالد اسلامبولی به انتفاضه تغییر یابد، ولی این تصمیم اجرائی نشد. حجت‌الله‌جودکی، رایزن فرهنگی پیشین ایران در مصر و پژوهشگر تاریخ اسلام، در یادداشتی به بهانه درگذشت محمود حمدی زقزوق، از اندیشمندان مصری، به ذکر روایتی از سفر سیدمحمد خاتمی به مصر و احترام ویژه‌ای که در این کشور به رئیس دولت اصلاحات گذاشته می‌شد نوشته است. او با اشاره به باور راسخ حمدی زقزوق به گفت‌وگو نوشت: «در دوران وزارتش در مصر بارها به دیدنش رفتم. او اعتقاد راسخی به موضوع گفت‌وگو داشت. وی گفت‌وگو را وسیله فراموش‌شده در دنیای معاصر می‌دانست و بر ضرورت آن میان مسلمانان از یک‌سو و اسلام و غرب از سوی دیگر تأکید داشت. وی علی‌رغم اینکه وزیر کابینه مبارک بود، اما همواره با آغوش باز از ایرانیان استقبال می‌کرد. در مجلس او علم و ادب حرف اول را می‌زد و با حوصله به حرف‌های طرف مقابل گوش فرامی‌‌داد. در ملاقات با او ذکر تلاش‌های زنده‌یاد دکتر محمدجواد فلاطوری نکته مهمی بود که همیشه به آن افتخار می‌کرد. دکتر زقزوق نواندیش دینی بود و تفکر تقریبی داشت و برای رسیدن به این مهم تلاش می‌کرد. در آخرین روزهای حضورم در مصر به دیدار او برای خداحافظی رفتم و به ایشان اطلاع دادم که کتاب اسلام و غرب او را به فارسی برگردانده‌ام و چنانچه مایل باشند می‌توانند مقدمه‌ای برای چاپ فارسی آن بنویسند. وی بسیار خوشحال شد و فردای آن روز مقدمه کوتاهی برایم فرستاد که در کتاب اسلام و غرب به چاپ رسیده است. در همه سال‌هایی که همایش بازسازی گفتمان دینی را ترتیب می‌داد از اندیشمندان ایرانی دعوت به عمل می‌آورد. در نوروز سال ۱۳۸۶ وی سیدمحمد خاتمی را به‌عنوان میهمان ویژه همایش به مصر دعوت کرد. هیئت ایرانی در آن سال بیش از ۱۴ نفر بودند. این سفر نقش مهمی در نزدیکی روابط دو ملت ایران و مصر داشت و برای نخستین‌بار الازهر از آقای خاتمی درخواست کرد تا در این مؤسسه سخنرانی کند که بازتاب مهمی داشت. همچنین در جریان این سفر به اعتراف مطبوعات مصر بیش از هفت ‌میلیون نفر شاهد مصاحبه دوساعته آقای خاتمی با کانال دو تلویزیون مصر بودند و تا مدت‌ها اندیشه خاتمی بحث روز مطبوعات مصر بود. در این سفر آقای حسنی مبارک سفر خود به مکه را چندساعت به تعویق انداخت تا با آقای خاتمی ملاقات کند. موارد یادشده بخشی از تلاش‌های جناب دکتر زقزوق بود».
ناکامی احمدی‌نژاد
اما این روند با تغییر دولت پایان یافت و در دوره محمود احمدی‌نژاد شرایط تغییر کرد؛ به‌نحوی‌که گرچه احمدی‌نژاد در سال 86 در مقام رئیس‌جمهور ایران اعلام کرد: «آماده هستیم تا اگر همین امروز دولت مصر اعلام آمادگی کند، سفارتمان را در آن دایر کنیم»، اما این درخواست از سوی حسنی مبارک در نشست سالانه سران اتحادیه عرب در شهر دوحه قطر رد شد. البته در نهایت احمدی‌نژاد بعد از انقلاب مصر و در دوره ریاست‌جمهوری کوتاه محمد مرسی توانست به مصر برود.